Det er krig mellom Alliance og Independents i Serenity dalen. Sersjant Malcom Reynolds tropp har problemer og kaller for backup. Mal beordrer seg selv og Zoe ut i feltet og Bendis til å dekke de bakfra. Mal får sjansen til å skyte ned et av fiendens skip, men må få seg og Zoe ut av veien i det det styrter rett mot dem. Da de skynder seg tilbake til hovedbunkeren oppdager de at de har mistet flere soldater, Bendis har mistet motet helt og Zoe får vite at det kommer ingen backup og, får ordre om å legge vekk våpnene. Mal ser skipene komme og Bendis blir skutt ned rett ved siden av han. De har tapt krigen.
Nåtid. Mannskapet på Serenity jobber med å komme inn i en tom kapsel på et dødt skip. De sprenger seg inn og finner det de leter etter. Tilbake på skipet sitter Wash og leker med dinosaurer da han oppdager et skip på radaren. En Alliance hangar kommer rett mot dem. De må skynde seg tilbake ombord før de blir tatt. Wash setter igang et nødrop fra en kapsel langt borte, for å distrahere dem. Når alle er kommet tilbake ombord, går de for full utblåsning og stikker av.
Alliance vurderer å følge etter, men bestemmer seg for at nødskriket er viktigere. Tilbake på Serenity sjekker Mal varene og banner for seg selv. Varene er merket, han later som ingenting og beordrer mannskapet for å sette raskest kurs mot Persephone for å få handelen i boks. Han forteller mannskapet at de kommer til å ta inn passasjerer der, for turen til Boros, noe som gleder maskinisten Kaylee.
Inara som er i Persephone på business får beskjed om at de muligens blir nødt til å dra fra planeten raskt, og setter kurs for å møte de.
Mal, Zoe og Jayne drar til Badgers hovedkvarter i Persephone for å avslutte handelen. Han gir dem beskjed at ettersom de ble observert av en Alliance hangar, og at varene er merket, vil han ikke betale dem et rødt øre og foreslår at de heller bør søke lykken på utkantsmånene. Mal foreslår at de kan sette retningen mot Whitefall og selge varene til Patience, noe som Zoe er sterkt uenig i, ettersom at sist gang de arbeidet med Patience, ble Mal skutt. Men etter å ha gått gjennom listen over mulige kjøpere finner de ingen annen utvei.
Tilbake på skipet har Kaylee skaffet dem 3 passasjerer. Predikanten Book, legen Simon Tam og Dobson. Inara returnerer til skipet, og Mal som ikke føler seg komfortabel med den religiøse Book, bestemmer seg for å gjøre han ukomfotabel. Han introduserer Inara for han og lar han få vite at hun er prostituert.
Mal adresserer passasjerene med hvilke regler som gjelder ombord, hvilke steder de har adgang og hvilke de ikke har adgang. Han forteller om at de må ta en kort tur til Whitefall og sier at Alliance har beordret dem om å levere medisin der. Simon ser litt tvilende på det.
De holder en felles middag, der det blir veldig åpenbart at Kaylee har småforelsket seg i Simon, noe Jayne gir en upassende bemerkning på og blir sendt fra bordet. Inara er den eneste som ikke møtte opp for maten og Book tar med seg et brett med mat til henne.
Wash oppdager at noen har sendt signal til nærmeste Alliance skip og kaller på Mal. Når Mal forlater Wash kommer han over Simon og tror umiddelbart at han er en Federal agent under dekning, men det viser seg at han tar feil, når Dobson trekker pistolen mot dem. Han beordrer Simon om å overgi seg, at han er under arrest. Men Dobson stoler ikke et øyeblikk på noen andre, og truer Mal og Book til å holde avstand, da Kaylee med et uhell kommer inn, blir et skudd avfyrt og treffer henne i magen. Book slår Dobson ut og de andre rusher mot Kaylee som synker sammen på gulvet.
Wash sier over intercommet at Alliance hangaren har kontaktet dem og beordret dem til å forberede til utveksling av fangen. Simon, som eneste lege ombord blir desperat nok til å be dem snu imot at han hjelper Kaylee. Mal sier først nei, men et smertefullt stønn fra Kaylee er nok til å gi inn. De snur og flykter fra hangaren.
Simon tar med Kaylee til sykestuen og setter igang med operasjonen for å få kulen ut. Dobson blir stengt inne i en av passasjercellene. Mal vil finne ut hva det er Simon synes er verdt å drepe for og drar ut til bagasjen og åpner containeren hans. Til hans overaskelse ligger det en naken jente oppi. River våkner opp og hyler vettskremt og kravler seg ut av containeren. Hun ser ikke ut til å være helt rett i toppen og Simon rusher til henne for å roe henne ned. Når hun innser hvem han er holder hun han tett til seg.
Simon forteller dem at det er søsteren hans og forteller videre historien deres.
Han er utrolig smart, han var blant eliten av medisinstudentene, han gjorde ferdig praksisen sin på 8 måneder og fikk jobb som en av de beste trauma-kirurgene ved sykehuset på Osiris. Men likevel får søsteren han til å virke som en idiot. Alt, uansett hva det er kommer så naturlig for henne som det å puste er for oss andre. Da hun var 14, ble hun tilbudt plass på en stats-sponset skole, som ville gi henne mer utfordring enn noen annen skole og hun ville dra dit. Han fikk noen brev, men så sluttet de å komme, intill han fikk et skrevet i kode. Han forsto at hun var i trøbbel og at han måtte få henne ut. Det tok han 2 år hvor han ikke kunne nå henne, men så ble han kontaktet av en undergrunnsgruppe, som mot en pris kunne smugle henne ut, noe han gikk med på.
Mal sier til Simon at hvis Kaylee overlever, går han og søsteren av på Whitefall, hvis ikke går de av tidligere, noe mannskapet ikke er enig i, men han har bestemt seg. Inara sier til Mal at hvis han gjør dette forlater hun skipet også. Han sender Jayne til Dobson for å finne ut hvor mye Alliance vet om de. Dobson prøver å gjøre en deal med Jayne og tilbyr han penger.
Wash oppdager et skip i nærheten og kaller Mal opp til seg. Mal konkluderer at det er Reavers (mennesker som får virkelige pirater til å se ut som pusekatter) og gir alle beskjed over intercommet. De kan ikke flykte for Reavers jager alle som frykter, deres beste håp er at de ikke føler for å angripe. De drar sakte, men sikkert forbi. Det andre skipet holder kurs.
Lettet, besøker Mal Kaylee som sier til han at han ikke skal bebreide Simon at han er en god mann. Og sier også til Mal at han er en god mann. Hun ber han huske dette.
Mal går og ser til Simon og forteller han at han er ute av tid, Kaylee er død. Simon løper mot sykestuen og ser til sin lettelse at Kaylee sitter oppe i sengen sin og vinker til han. han kaller Mal psykotisk. Oppe i styrerommet ler Mal, Zoe, Jayne og Wash. Wash kaller Mal psykostisk. Zoe forsikrer seg at Kaylee vil bli helt bra.
De lander på Whitefall og får kordinater til et møtested. Mal skjønner at Patience planlegger å skyte han igjen. Han, Zoe og Jayne drar ut for å gjøre handelen. De sjekker ut dalen og finner ut hvor snikskytterne må være plassert. Jayne blir sendt for å ta seg av de. Patience kommer ridende med troppen sin. De utfører handelen og Mal ber de om å rygge først, men Patience forteller om regelen sin at hun aldri gir fra seg penger når hun ikke trenger det. Mal kaster pengene tilbake, men det er enda ikke nok. Jayne, på plassen til snikskytterne, tar ut hennes beste skytter. De tar ut alle skytterne hennes og hun ender opp under en hest. Mal tar pengene, lar henne ligge og drar. Jayne kommer løpende med beskjed fra Wash, Reaverene har fulgt etter dem.
Tilbake på skipet har Dobson kommet seg løs og slått ned Book. Han tar River som gissel, men Simon får henne løs og får tak i en pistol. Han retter den mot Dobson og hindrer han fra å plukke opp sin egen pistol. Wash kommer med beskjed om Reaverene på intercommet og distraherer Simon nok til at Dobson får pistolen igjen, og han tar River som gissel igjen. I det øyeblikket kommer Mal, Zoe og Jayne tilbake og Mal dreper Dobson med et skudd rett foran alle andre. Han og Jayne hiver han ut og skipet tar av.
Reaverene holder på å ta de igjen. Wash prøver å riste de av, men de er låst på posisjon. Jayne og Book tar Kaylee med til maskinrommet og hun instruerer dem til å sette opp mot full utblåsning. Men de finner ut at det ikke er nok. Mal får en idé og ber Wash om å prøve en crazy Ivan. Kaylee instruerer Jayne i hvordan det skal settes opp. Og gir Wash klarsignal.
Reavers skipet holder på å ta dem igjen. Wash utfører en crazy Ivan som er å snu den ene motoren rundt, slik at de snur skarpt på stedet, så snu den tilbake, passere rett under Reavers skipet og gå for full utblåsning. De flykter fra Reaverene.
Simon tilbyr Mal å lappe sammen skuddsåret hans, men Mal sier nei takk og så tilbyr han Simon en jobb som lege på skipet. Simon lurer på om Mal har blitt helt gal, han svarer bare at han har hatt en god dag. Simon peker ut at halvparten av mannskapet har blitt skutt eller såret, inkludert han selv. Men for Mal er det å fremdeles kunne fly nok for å kvalifisere en dag som god.
Det er krig mellom Alliance og Independents i Serenity dalen. Sersjant Malcom Reynolds tropp har problemer og kaller for backup. Mal beordrer seg selv og Zoe ut i feltet og Bendis til å dekke de bakfra. Mal får sjansen til å skyte ned et av fiendens skip, men må få seg og Zoe ut av veien i det det styrter rett mot dem. Da de skynder seg tilbake til hovedbunkeren oppdager de at de har mistet flere soldater, Bendis har mistet motet helt og Zoe får vite at det kommer ingen backup og, får ordre om å legge vekk våpnene. Mal ser skipene komme og Bendis blir skutt ned rett ved siden av han. De har tapt krigen.
Nåtid. Mannskapet på Serenity jobber med å komme inn i en tom kapsel på et dødt skip. De sprenger seg inn og finner det de leter etter. Tilbake på skipet sitter Wash og leker med dinosaurer da han oppdager et skip på radaren. En Alliance hangar kommer rett mot dem. De må skynde seg tilbake ombord før de blir tatt. Wash setter igang et nødrop fra en kapsel langt borte, for å distrahere dem. Når alle er kommet tilbake ombord, går de for full utblåsning og stikker av.
Alliance vurderer å følge etter, men bestemmer seg for at nødskriket er viktigere. Tilbake på Serenity sjekker Mal varene og banner for seg selv. Varene er merket, han later som ingenting og beordrer mannskapet for å sette raskest kurs mot Persephone for å få handelen i boks. Han forteller mannskapet at de kommer til å ta inn passasjerer der, for turen til Boros, noe som gleder maskinisten Kaylee.
Mal, Zoe og Jayne drar til Badgers hovedkvarter i Persephone for å avslutte handelen. Han gir dem beskjed at ettersom de ble observert av en Alliance hangar, og at varene er merket, vil han ikke betale dem et rødt øre og foreslår at de heller bør søke lykken på utkantsmånene. Mal foreslår at de kan sette retningen mot Whitefall og selge varene til Patience, noe som Zoe er sterkt uenig i, ettersom at sist gang de arbeidet med Patience, ble Mal skutt. Men etter å ha gått gjennom listen over mulige kjøpere finner de ingen annen utvei.
Tilbake på skipet har Kaylee skaffet dem 3 passasjerer. Predikanten Book, legen Simon Tam og Dobson. Inara returnerer til skipet, og Mal som ikke føler seg komfortabel med den religiøse Book, bestemmer seg for å gjøre han ukomfotabel. Han introduserer Inara for han og lar han få vite at hun er prostituert.
Wash oppdager at noen har sendt signal til nærmeste Alliance skip og kaller på Mal. Når Mal forlater Wash kommer han over Simon og tror umiddelbart at han er en Federal agent under dekning, men det viser seg at han tar feil, når Dobson trekker pistolen mot dem. Han beordrer Simon om å overgi seg, at han er under arrest. Men Dobson stoler ikke et øyeblikk på noen andre, og truer Mal og Book til å holde avstand, da Kaylee med et uhell kommer inn, blir et skudd avfyrt og treffer henne i magen. Book slår Dobson ut og de andre rusher mot Kaylee som synker sammen på gulvet.
Wash sier over intercommet at Alliance hangaren har kontaktet dem og beordret dem til å forberede til utveksling av fangen. Simon, som eneste lege ombord blir desperat nok til å be dem snu imot at han hjelper Kaylee. Mal sier først nei, men et smertefullt stønn fra Kaylee er nok til å gi inn. De snur og flykter fra hangaren.
Simon tar med Kaylee til sykestuen og setter igang med operasjonen for å få kulen ut. Dobson blir stengt inne i en av passasjercellene. Mal vil finne ut hva det er Simon synes er verdt å drepe for og drar ut til bagasjen og åpner containeren hans. Til hans overaskelse ligger det en naken jente oppi. River våkner opp og hyler vettskremt og kravler seg ut av containeren. Hun ser ikke ut til å være helt rett i toppen og Simon rusher til henne for å roe henne ned. Når hun innser hvem han er holder hun han tett til seg.
Han er utrolig smart, han var blant eliten av medisinstudentene, han gjorde ferdig praksisen sin på 8 måneder og fikk jobb som en av de beste trauma-kirurgene ved sykehuset på Osiris. Men likevel får søsteren han til å virke som en idiot. Alt, uansett hva det er kommer så naturlig for henne som det å puste er for oss andre. Da hun var 14, ble hun tilbudt plass på en stats-sponset skole, som ville gi henne mer utfordring enn noen annen skole og hun ville dra dit. Han fikk noen brev, men så sluttet de å komme, intill han fikk et skrevet i kode. Han forsto at hun var i trøbbel og at han måtte få henne ut. Det tok han 2 år hvor han ikke kunne nå henne, men så ble han kontaktet av en undergrunnsgruppe, som mot en pris kunne smugle henne ut, noe han gikk med på.
Wash oppdager et skip i nærheten og kaller Mal opp til seg. Mal konkluderer at det er Reavers (mennesker som får virkelige pirater til å se ut som pusekatter) og gir alle beskjed over intercommet. De kan ikke flykte for Reavers jager alle som frykter, deres beste håp er at de ikke føler for å angripe. De drar sakte, men sikkert forbi. Det andre skipet holder kurs.
Mal går og ser til Simon og forteller han at han er ute av tid, Kaylee er død. Simon løper mot sykestuen og ser til sin lettelse at Kaylee sitter oppe i sengen sin og vinker til han. han kaller Mal psykotisk. Oppe i styrerommet ler Mal, Zoe, Jayne og Wash. Wash kaller Mal psykostisk. Zoe forsikrer seg at Kaylee vil bli helt bra.
De lander på Whitefall og får kordinater til et møtested. Mal skjønner at Patience planlegger å skyte han igjen. Han, Zoe og Jayne drar ut for å gjøre handelen. De sjekker ut dalen og finner ut hvor snikskytterne må være plassert. Jayne blir sendt for å ta seg av de. Patience kommer ridende med troppen sin. De utfører handelen og Mal ber de om å rygge først, men Patience forteller om regelen sin at hun aldri gir fra seg penger når hun ikke trenger det. Mal kaster pengene tilbake, men det er enda ikke nok. Jayne, på plassen til snikskytterne, tar ut hennes beste skytter. De tar ut alle skytterne hennes og hun ender opp under en hest. Mal tar pengene, lar henne ligge og drar. Jayne kommer løpende med beskjed fra Wash, Reaverene har fulgt etter dem.
Tilbake på skipet har Dobson kommet seg løs og slått ned Book. Han tar River som gissel, men Simon får henne løs og får tak i en pistol. Han retter den mot Dobson og hindrer han fra å plukke opp sin egen pistol. Wash kommer med beskjed om Reaverene på intercommet og distraherer Simon nok til at Dobson får pistolen igjen, og han tar River som gissel igjen. I det øyeblikket kommer Mal, Zoe og Jayne tilbake og Mal dreper Dobson med et skudd rett foran alle andre. Han og Jayne hiver han ut og skipet tar av.
Reaverene holder på å ta de igjen. Wash prøver å riste de av, men de er låst på posisjon. Jayne og Book tar Kaylee med til maskinrommet og hun instruerer dem til å sette opp mot full utblåsning. Men de finner ut at det ikke er nok. Mal får en idé og ber Wash om å prøve en crazy Ivan. Kaylee instruerer Jayne i hvordan det skal settes opp. Og gir Wash klarsignal.
Simon tilbyr Mal å lappe sammen skuddsåret hans, men Mal sier nei takk og så tilbyr han Simon en jobb som lege på skipet. Simon lurer på om Mal har blitt helt gal, han svarer bare at han har hatt en god dag. Simon peker ut at halvparten av mannskapet har blitt skutt eller såret, inkludert han selv. Men for Mal er det å fremdeles kunne fly nok for å kvalifisere en dag som god.